Джирайя рождается примерно за 50 лет до начала сериала. Он оканчивает академию Ниндзя в восемь лет и становится Генином в команде Сарутоби. Его товарищи по команде Тсунаде и Орочимару.

После его обучения он покидает Конохагакуре. Во время использования одной из техник он случайно оказывается на горе Мёбокузан. Там же он остается, чтобы обучаться Сендзюцу под руководством Фукасаку. Джирайя заключает пакт с семьёй жаб, что бы призывать ее членов. В один прекрасный день, одна из жаб, Оогамасеннин, высказывает Джирайе пророчество: Джирайя станет невероятно талантливым и в то же время извращенным Шиноби. Однажды он возьмет ученика, который принесет миру спокойствие, или уничтожит его. Кроме того Джирайя будет много путешествовать и напишет книгу. Так же ему придется сделать трудный выбор, который повлечет за собой или спокойствие или уничтожение в мире.

Джирайя покидает гору, что бы вновь вернуться в Коноху, находящуюся в войне с Амегакуре. В этой войне он сообщает Тсунаде, что ее брат Наваки мертв, и отправляется на миссию со своими бывшими товарищами по команде и еще несколькими Шиноби Конохи. Цель миссии — битва против Амегакуре и Ханзо. В конце сражения на поле боя в состоянии двигаться только трио из Конохи и Ханзо, который объявляет, что битва окончена, несмотря на то что у него было преимущество. Он присваивает им трем звание Саннинов.

Джирайя тренирует Сендзюцу

На обратном пути в Конохагакуре Саннинам встречаются три сироты: Яхико, Нагато и Конан. Они просят что бы те дали им немного поесть и обучили искусству Ниндзя. Джирайя решает дать им и то и другое следующие три года занимается с сиротами. В это время Джирайя обнаруживает Риннеган Нагато, и по этому держит его за дитя из пророчества. Позже он разговаривает с Нагато и ему удается превратить его отчаяние в храбрость. После этого он возращается в Коноху и становится Сенсеем Намиказе Минато, который его позже обучает Расенгану.

После того как Орочимару предает деревню, Джирайя собирает остановить его. Разгорается битва, в которой Джирайя проигрывает, но выживает. Вступление Орочимару в Акацки заставляет Джирайю собирать о ней информацию. Между тем он пишет книгу, о которой упоминал Оогамасеннин в своём пророчестве. Он представляет ее своему бывшему ученику Минато и тот восторжен ею и называет своего сына именем героя книги, Наруто. После чего Джирайя становится крестным отцом Наруто.



Джирайя и Наруто

Саннины в битве

После начала экзамена на Чуунина, Джирайя берется за Наруто и показывает ему, как он может правильно использовать свою Чакру и призывать жаб, еще до того как тому придется сражаться с Неджи. Когда на Коноху нападают Орочимару, Шиноби Ото и Суны, Джирайя помогает в борьбе против злоумышленников.

После смерти третьего Хокаге в сражении против Орочимару, Джирайя должен стать его наследником. Однако он отказывается и отправляется в поиски еще одного потенциального кандидата для этого поста: Тсунаде, его бывший товарищ по команде.

Он берет с собой Наруто, что тренировать его. Он обучает его Расенгану и встречает Тсунаде, которая тоже пока что отказывается от поста. После предложения Орочимару оживить Дана и Наваки взамен на лечение его рук, от которого она отказывается, разгорается бой между ними, в который позже вмешивается Джирайя. Битва оканчивается без потерь и Тсунаде решает стать пятым Хокаге. Когда Наруто попадает после сражения с Саске в больницу, Джитайя навещает его с просьбой не искать Саске. Однако ему не удается переубедить Наруто и он решает покинуть Коноху и забрать его с собой, что бы тренировать его в качестве подготовки к битве против Акацки. В этом путешествии он обучает его тому как прекратить Гендзюцу и частично контролировать Чакру Кьюби. При этом Наруто, получивший четыре хвоста, чуть не убивает его.



Джирайя и Тсунаде

Когда Джирайя, Орочимару и Тсунаде были Генинами, то есть учениками Третьего Хокаге, Тсунаде и Джирайя ненавидели друг друга. Но когда Орочимару предал и покинул Конохагакуре и всех её жителей, Джирайя и Тсунаде стали партнёрами и сейчас Джирайя и Наруто вернули Тсунаде и помогли стать Хокаге. 
Шиппууден

Джирая допрашивает двух Шиноби Амегакуре

Два с половиной года спустя, он возвращается с Наруто в Коноху и передает его в опеку Какаши.

Сам Джирайя отправляется на поиски новой информации о Акацки. Эта информация заставляет его отправиться в Амегакуре, что бы предстать перед лидером Акацки. После разговора с Тсунаде он отправляется в путь, чтобы узнать о нем.

Прибыв в Амегакуре, он допрашивает двоих Шиноби Аме, а затем направляется к Пэйну. Однако сперва он встречает Конан, которая после непродолжительного разговора вступает с ним в бой. Ее сменяет Пэйн, начинается истинное сражение. Во время этого сражения Джирайя анализирует способности своего противника и и приходит к невероятным для него выводам. Несмотря на использование режима отшельника для Джирайи сражение оканчивается смертью. Однако его смерть не напрасна, так как он в последний миг жизни оставил сообщение на спине Фукасаку: Настоящий не с ними.